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package biotk
Legend:
Library
Module
Module type
Parameter
Class
Class type
module Bai : sig ... end
module Bam_iterator : sig ... end
module Bed : sig ... end
module Cisbp : sig ... end
module Dataframe : sig ... end
module Dna_sequence : sig ... end
module Encode : sig ... end
module Fasta : sig ... end
module Fastq : sig ... end
module FeatureCounts : sig ... end
module GAnnot : sig ... end

Data structures to represent sets of (possibly annotated) genomic regions

module GLoc : sig ... end
module Gcf : sig ... end

GCF = Genomic coordinates format loosely defined as a TSV format whose first column represents a location with the syntax <chr>:<start>-<end>

module Gene : sig ... end
module Gff : sig ... end
module Gtf : sig ... end
module Idr : sig ... end

Utilities for the {https://github.com/nboley/idrIDR program

module Igv : sig ... end
module Interval_union : sig ... end
module Jaspar : sig ... end
module Let_syntax : sig ... end
module Line_oriented : sig ... end
module List1 : sig ... end
module Macs : sig ... end

https://github.com/taoliu/MACS/blob/macs_v1/README.rst

module Macs2 : sig ... end

Interaction with MACS2 peak caller

module Misc : sig ... end
module NarrowPeak : sig ... end
module Ncbi_genome : sig ... end
module Nucleotide : sig ... end
module Phylo_tree_draw : sig ... end
module Pipe_parsers : sig ... end
module Profile_matrix : sig ... end
module Pwm : sig ... end

Position-weight matrix

module Pwm_stats : sig ... end

Implementation of https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2238751/

module RanT : sig ... end

Range Traversal

module Range : sig ... end
module Sam : sig ... end
module Ucsc_genome_browser : sig ... end
module Utils : sig ... end
module Wfa : sig ... end