package bistro

  1. Overview
  2. Docs
package bistro
Legend:
Library
Module
Module type
Parameter
Class
Class type
class type bam = object ... end
class type bed3 = object ... end
class type bed4 = object ... end
class type bed5 = object ... end
class type bed6 = object ... end
class type fasta = object ... end
class type fastq = object ... end
class type sanger_fastq = object ... end
class type solexa_fastq = object ... end
class type phred64_fastq = object ... end
class type gff = object ... end
class type gff2 = object ... end
class type gff3 = object ... end
class type indexed_bam = object ... end
class type sam = object ... end
class type sra = object ... end

File_formats

module Bed : sig ... end
module Fastq : sig ... end

Genome databases

module Ucsc_gb : sig ... end
module Ensembl : sig ... end

NGS utilities

module Bedtools : sig ... end
module Deeptools : sig ... end
module Htseq : sig ... end
module Samtools : sig ... end
module Picardtools : sig ... end
module Sra_toolkit : sig ... end
module Subread : sig ... end

http://subread.sourceforge.net/

NGS quality

module ChIPQC : sig ... end
module FastQC : sig ... end
module Fastq_screen : sig ... end

NGS aligners

module Bowtie : sig ... end
module Bowtie2 : sig ... end
module Tophat : sig ... end
module Hisat2 : sig ... end
module Star : sig ... end
module Kallisto : sig ... end

Genome assembly

module Spades : sig ... end
module Idba : sig ... end
module Cisa : sig ... end
module Quast : sig ... end

Differential analysis

module DESeq2 : sig ... end

Peak callers

module Macs : sig ... end
module Macs2 : sig ... end
module Idr : sig ... end
module Meme_suite : sig ... end
module Prokka : sig ... end
module Srst2 : sig ... end